Комунальний заклад «Одеська санаторна школа-інтернат №3 І-ІІ ступенів» була збудована в 1957 році по завданню Морського флоту СРСР як спец. дитбудинок для дітей робітників Одеського морського порту.   

Відповідно до рішення виконавчого комітету Одеської обласної Ради депутатів трудящих №227 від 16 березня 1959 року «Про заходи по розширенню сітки шкіл-інтернатів в Одеській області в 1959 році» на базі дитбудинку порту та СШ № 106 була відкрита загальноосвітня школа-інтернат №3.    

У зв’язку з наявністю в Одеській області великої кількості дітей, які хворіють ревматизмом і потребують навчання в санаторній школі-інтернаті, відповідно до рішення №412 від 17 серпня 1970 року Одеської обласної Ради депутатів трудящих «Про реорганізацію школи-інтернату №3 реорганізовано в санаторну школу-інтернат №3 для дітей ревматиків, яка і по сьогоднішній день виконує цю важливу функцію.      

Школа-інтернат №3 розміщена у двох двоповерхових спорудах, що з’єднуються між собою галереями.      

Просторі класні кімнати, затишні спальні кімнати розраховані в основному на 4 вихованців, медична частина, зал ЛФК, майстерні, кабінет психологічного розвантаження, актовий зал, харчоблок, а також безпосередня близькість до Чорного моря – все це створює умови для повноцінного навчального-виховного і лікувально-профілактичного та  реабілітаційного процесу.     

Комплектування школи-інтернат учнями здійснюється департаментом освіти і науки Одеської обласної державної адміністрації на підставі медичних показань та заяви батьків.     

Першим директором школи-інтернат №3 була Божко Марія Василівна. Після  неї працювали: Потехін В.І. (1961-1963рр.); Ульянова Г.П. (1963-1964рр.); Лисаков В.Є. (1964-1965рр.); Багрінцев В.М. (1965-1967 рр.); Жуковський А.В. (1957-1969); Чибич’ян О.С. (1969-1970 рр.); Смислов Ф.С. (1970-1971 рр.); Карнаушенко В.С. (1971-1974рр.); Варганова А.І. (1974-1988рр.) та Кушнір Н.Є. (1988-1996рр.). З 1996 року по 2011 рік Директор школи-інтернату був Ющенко В.В. З 2011 по 2014 р. – Черняк Л.О. В 2014 р. директором школи-інтернату призначена Алферова Л.Ю.     

Починаючи із жовтня 2001 року школа-інтернат знаходиться на самостійному балансі і фінансується із обласного бюджету.